Середньорічна витрата води в гирлі Нілу 2900 м³/с. У верхній течії приймає великі притоки – Ель-Газаль (лівий) і Асуа, Собат, Блакитний Ніл і Атбара (праві). Нижче гирла правої притоки Атбари Ніл тече напівпустелею, не маючи приток протягом останніх 3000 км.
Притоки поділяються на праві та ліві, що впадають відповідно з правого та лівого берегів. У річковій системі розрізняють притоки різних порядків залежно від того, впадають вони безпосередньо в головну річку чи в її притоки.
Річка Ніл протікає материком Африка. Здебільшого (у середній і нижній частині) течія повільна, розмірена, спокійна, бо протікає рівниною. Раніше в середній частині були кам’яні пороги, що робило течію більш бурхливою, але зараз цього не спостерігається.