Будова типової клітини прокаріот: капсула, клітинна стінка, плазмалема, цитоплазма, рибосоми, плазміда, пили, джгутик, нуклеоїд.
Головна відмінність У прокаріот немає ядра, кільцева ДНК (кільцева хромосома) розташована прямо в цитоплазмі (ця ділянка цитоплазми називається нуклеоїд). У еукаріот є оформлене ядро (спадкова інформація [ДНК] відокремлена від цитоплазми ядерною оболонкою).
По-перше, очевидно, у прокаріот ядро відсутнє, а у еукаріотів воно є. По-друге, у еукаріотів помітно більше внутрішньоклітинних органел, а саме у прокаріот відсутні: ендоплазматичний ретикулум, лізосоми, мітохондрії, хлоропласти, вакуолі, апарат Гольджі та хлоропласти.