Коли вона стікає з гір під час танення льодовиків, вона практично не насичується мінералами, бо на околицях Байкалу береги річок складаються з кристалічних порід, які погано розчиняються у воді. В результаті вода залишається м'якою, тому сприятлива для пиття та купання в ній.
Чистота води підтримується завдяки ендеміці озера – рачку епіщуру. Він поглинає водорості та інші органічні речовини, пропускаючи рідину через свій організм. Крім того, він є основною їжею байкальського омуля, що також мешкає тільки в цій водоймі.
Байкальська глибинна питна вода "Legend of Baikal" ("Легенда Байкалу») видобувається з озера Байкал на віддаленні 1 500 метрів від берегової лінії та з глибини понад 400 метрів. Це місце водозабору називається "ядром" озера.
Як і губки, маленькі байкальські епішур відіграють важливу роль в екосистемі озера: вони є фільтраторами води, що очищають її.