Основні методи селекції рослин – масовий та індивідуальний відбір, внутрішньовидова та віддалена гібридизація, інбридинг, поліплоїдія та експериментальний мутагенез. Для перехрещених рослин застосовують масовий відбір особин з бажаними властивостями.
Основними методами селекції тварин є гібридизація та відбір. Розрізняють ті ж методи схрещування – близькоспоріднене схрещування, інбридинг, та неспоріднене, аутбридинг. Інбридинг, як і рослин, призводить до депресії.
Найновішими методами селекції мікроорганізмів, рослин та тварин є клітинна, хромосомна та генна інженерія.