Лікар застосовує місцеву анестезію Через ротовий отвір ендоскоп поміщається в стравохід, а потім – у шлунок і дванадцятипалу кишку. За показаннями під час обстеження можуть бути видалені невеликі сторонні тіла, а також взято зразок тканин на лабораторне дослідження.
У середньому дослідження триває від 6 до 20 хвилин.
Для проведення ендоскопічного дослідження стравоходу та шлунка апарат зазвичай вводять через рот пацієнта. Для огляду інших органів шлунково-кишкового тракту може використовуватися введення ендоскопу через пряму кишку.