Якщо вбити Батька під час розмови на руїнах Інституту у квесті «Вигнання» з'явиться завдання «Повернутися до Інституту». Телепортувавшись туди, герой опиниться в замкненій кімнаті телепорту, де з ним зв'яжеться один із вчених і звинуватить його у вбивстві Батька.
Врятувати ніяк не можна. Мінімальні збитки фракціям лише наприкінці за Мінітменів (буде знищено Інститут, а Братство Сталі та Підземка залишаться живими та лояльними до протагоніста).
При приєднанні Вижили до Братства Сталі або Підземки та виконанні їх сюжетних ліній, Шон гине під час вибуху Інституту.
Продовжувати грати в Fallout 4 можна після проходження сюжетної лінії. І в грі немає обмежень за рівнем. Можна, можливо продовжувати грати та розвивати персонажа», — повідомили розробники у твіттері. І в Fallout 3, і в Fallout: New Vegas продовжувати гру після проходження було неможливо.