Особливий церковний суд католицької церкви під назвою “Інквізиція” був створений 1215 року папою Інокентієм III. Церковний трибунал, якому було доручено “виявлення, покарання і запобігання єресей”, був заснований у Південній Франції Григорієм IX 1229 року.
У Португалії її права були значно урізані: С. де Помбал, перший міністр короля Жозе I (1750-1777), у 1771 році позбавив її права цензури і ліквідував аутодафе, у 1774 році заборонив застосування тортур. У 1808 Наполеон I повністю скасував інквізицію в захоплених ним Італії, Іспанії та Португалії.
Існувала з 1162 року до об’єднання з Кастилією наприкінці XV – початку XVI століття. Де-юре назва і деякі інститути (наприклад, кортеси) проіснували до початку XVIII століття.