Бактерії відрізняються від усіх клітинних організмів тим, що в їхніх клітинах немає оформленого ядра: Ядерна речовина (хромосома) розташовується в цитоплазмі і не відокремлена від неї оболонкою.
У клітинах прокаріотів відсутня ядро, оточене в еукаріотів двома мембранами. Їхня ДНК міститься в особливій області цитоплазми – нуклеоїді. Там містяться також РНК та білки, у тому числі і пов'язані з ДНК. Однак у більшості прокаріотів ні нуклеосомного укладання ДНК.
На відміну від еукаріотів, бактерії не мають обмеженого оболонкою ядра і, як правило, будь-яких мембранних органел. Водночас у ряду бактерій є клітинні структури, які мають аналогів у двох інших доменах.
Бактеріальна клітина складається з клітинної стінки, цитоплазматичної мембрани, цитоплазми з включеннями та ядерного апарату, званого нуклеоїдом. Є інші структури: мезосома, хроматофори, тилакоїди, вакуолі, включення полісахаридів, жирові крапельки, капсула (мікрокапсула, слиз), джгутики, пили.