він командував російськими військами, що звільняли від шведських військ Польщу, Курляндію, Померанію, Гольштейн.. За облогу міста-фортеці Риги він отримав від датського короля Фрідріха IV орден Слона. Прусський король Фрідріх-Вільгельм нагородив російського генерал-фельдмаршала орденом Чорного Орла.
Меншиков став першим генерал-губернатором Петербурга (з 1703 і, з невеликою перервою, до своєї опали в 1727), керував будівництвом міста, а також Кронштадта, корабельних верфей на річках Нева і Свір (Олонецька верф), Петровського і Повенецького гарматних заводів.
Під час Північної війни 1700-1721 рр. Меншиков командував великими силами піхоти та кавалерії, відзначився в облозі та штурмах фортець, у багатьох битвах. У 1703 р., діючи з Петром у гирлі Неви, здобув першу морську перемогу над шведами, за що був удостоєний ордена святого Андрія Первозванного.
Петро називав його «рукою злодійкуватою, але вірною» і не раз бив палицею. Перед смертю імператора Меншиков нарешті потрапив у велику опалу, втратив посади президента Військової колегії та генерал-губернатора Санкт-Петербурзької губернії.